À Shinjuku Kabukichō, le plus grand quartier du vice au Japon, deux hommes hors du commun voient leurs destins se croiser. Ichi est un jeune homme timide et fragile qui, lorsqu'il est submergé par ses émotions, se transforme en une véritable arme humaine. Maître en arts martiaux et armé d'une lame dissimulée dans ses bottes, il peut massacrer ses ennemis en un instant. De son côté, Kakihara, un lieutenant yakuza blasé et fasciné par la douleur, se lance à la recherche de son chef disparu. Son enquête le conduit peu à peu jusqu'à Ichi, donnant naissance à une confrontation aussi sanglante que dérangeante.