Sur une île isolée du reste du monde se trouve la Duel Academy, une prestigieuse école qui forme la nouvelle génération de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon particulièrement talentueux, y est admis et découvre rapidement l’univers singulier de cet établissement. Les étudiants y sont répartis en trois dortoirs selon leurs résultats aux examens : les meilleurs rejoignent l’Obélisque Bleu, ceux aux résultats moyens le dortoir Râ Jaune, tandis que les moins performants sont envoyés au dortoir Slifer Rouge, où réside Jaden. Mais l’arrivée de ce jeune duelliste risque bien de bouleverser cet équilibre. Les rivalités entre les trois dortoirs pourraient s’intensifier, car la domination de l’Obélisque Bleu est sur le point d’être remise en question...