An 3 de l'ère Keiō, au pays de Hinomoto. Alors que la fin du shogunat plonge le Japon dans la tourmente, le jeune Kū Bashin rêve de devenir plus fort grâce aux Battle Spirits « Standard ». Tout change lorsqu'il rencontre Ajara Zetsu, un samouraï errant et redoutable joueur « Eternal », pourchassé par les forces anti-shogunat. Lorsque les mondes Standard et Eternal se heurtent, Kū est entraîné dans le voyage de Zetsu et met l'histoire en marche.